Реформы, проводившиеся в России во второй половине XIX в., практически не затронули организационную структуру Русской Православной Церкви. Как и раньше, царь оставался главой Церкви (верховным земным покровителем), но непосредственными делами церковного управления ведал Святейший Синод. Он состоял из присутствия и собственно управления. Присутствие объединяло высших иерархов Православной Церкви, выносивших свои решения по важнейшим вопросам жизни Церкви.
Компетенции Святейшего Синода принадлежали все дела Церкви: истолкование церковных догматов, распоряжения по обрядовости и молитвам, назначение должностных лиц, заведование имуществом, просвещение, борьба с еретиками и раскольниками, цензура, судебные дела духовных лиц. Возглавлял это влиятельное ведомство обер-прокурор Святейшего Синода. С 1880 и до конца 1905 г. на этой должности бессменно находился известный консервативный деятель К. П. Победоносцев.
Церковь делилась на 66 епархий — 64 в пределах России, одна в Америке (Алеутская) и одна в Японии. Каждая епархия, возглавляемая архиереем, назначаемым царем по согласованию с Синодом, подчинялась непосредственно Синоду. Епархиальный архиерей мог носить титул митрополита, архиепископа или епископа. Он являлся в пределах епархии не только высшим церковным административным лицом, но и главным учителем веры и нравственности.
Структура местного церковного управления, помимо архиерея, включала еще духовную консисторию, ведавшую собственно управлением и церковным судом, училищный совет, занимавшийся делами церковноприходских школ, и попечительский совет, оказывавший помощь бедным лицам духовного звания. Каждая епархия делилась на благочинные округа, каждый из округов включал от 15 до 35 приходских храмов. Вне епархий находились церкви придворного и военного ведомства, а также 10 крупнейших монастырей.
Всего в России к концу XIX в. насчитывалось более 80 млн. православных верующих и 37 тыс. приходов. В число православных входили и старообрядцы (раскольники), которых, поданным Синода на 1895 г., насчитывалось около 13 млн. человек и которые не подчинялись синодальному управлению.
В России действовало 4 духовные академии (900 студентов), 58 духовных семинарий (около 19 тыс. учащихся), 183 духовных училища (около 32 тыс. учащихся), 49 епархиальных женских училища (около 13 тыс. учащихся) и 13 женских училищ духовного звания (около 21 тыс. учащихся).
С начала 1880-х гг. Церковь стала играть активную роль как бы второго Министерства народного просвещения. Александру III была близка идея широкого развития в стране сети церковно-приходских школ. Подобные начальные учебные заведения не только давали основы грамотности, но и прививали духовно-нравственные т. к. преподавателями являлись по преимуществу церковно-приходские священники. К началу 1880-х гг. таких школ было немного — всего около 5 тыс. К 1894 г. церковно-приходских школ стало почти 31 тыс., в них обучались более 1 млн. мальчиков и девочек.
Оберпрокурор Святейшего Синода К. П. Победоносцев являлся одним из образованнейших правоведов своего времени. Ему принадлежит целая серия историко-юридических трудов, а его трехтомный «Курс гражданского права» служил учебным пособием нескольким поколениям студентов.
Причину общественных нестроений, источник видимых недостатков реального мира Победоносцев видел не в общественных учреждениях, не в системе отношений между людьми, а в нравственной природе самого человека. Несовершенные люди не могут построить на земле ничего совершенного — вот главный камертон мировоззрения К. П. Победоносцева. Человек слишком грязен и темен, и пока душа его не просветлится светом Небесной Истины, ждать ничего хорошего не приходится. Обер-прокурор Синода выступал непримиримым критиком любых попыток социального реформирования общества. Главные мировоззренческие постулаты черного кардинала империи, как его называли противники, отразились в «Московском сборнике К. П. Победоносцева. Обер-прокурор Святейшего Синода категорически выступал против воспроизведения в России любых форм государственно-либеральных западноевропейских моделей. Всеобщее избирательное право и парламентаризм Победоносцев назвал великой ложью нашего времени.
Конструктивными факторами истории для него являлись государство и Церковь, неразделимые, «как дух и тело». Отделение Церкви от государства неминуемо приведет к гибели и того и другого, — считал обер-прокурор. Русское государство, провозглашал он, может существовать только при сильной верховной царской власти, потребность в которой глубоко таится в душе русского человека.
Как широко образованный человек Победоносцев хоро-сенат и Синод не знал, как складывался исторический путь России, Петербург и предвидел трагические повороты в судьбах Отечества. Он не раз высказывался о неизбежном крушении Российской империи. Это пророчество производило странное впечатление на слушателей, ведь оно звучало из уст высокопоставленного должностного лица, обязанного защищать основы и начала империи, а не предрекать их грядущую гибель.
Победоносцева нельзя было обвинить в пассивности. По мере сил и возможностей он старался пресекать опасное, с его точки зрения, развитие общественных событий в стране. Однако политика недопущения и запретов, непременным сторонником которой являлся глава Синода, сама по себе была лишена какого-либо созидательного содержания и не сулила никакой перспективы стране.
Православная церковь всегда считалась как бы отдельным государством. У нее были свои законы и правила, правительство не имела права вмешиваться в жизнедеятельность церкви. Так происходило все время и даже в настоящее время происходит. Церковь существует абсолютно отдельно от государства.
Некоторые слова К. П. Победоносцева можно считать афоризмами. Пример — мысль о парламентаризме и всеобщем избирательном праве, которые он считал «великой ложью» нашего времени. Если примерить их на сегодняшние дни, то понимаешь, насколько он был прав. Ну и конечно предчувствие краха Империи, знаковое событие, когда высокопоставленный чиновник говорит об этом…