Борьба за власть между руководителями СССР и РСФСР стала одной из причин роста сепаратистских настроений в России в годы перестройки. Советские лидеры заигрывали с национальными элитами, надеясь ослабить влияние команды Б.Н.Ельцина. Многие кремлевские политики полагали, что автономные республики смогут выйти из состава РСФСР и влиться в обновленный Союз уже как самостоятельные субъекты. Это была рискованная игра — после распада Советского Союза процессы децентрализации продолжились. Также на рост сепаратизма оказывали влияние экономические проблемы населения и отсутствие социальных лифтов у молодежи в 1990-е годы.
Чеченская республика
Чеченцы хорошо помнили депортацию их народа после обвинений в сотрудничестве с фашистами в годы войны. 8 июня 1991 года была провозглашена независимая Чеченская Республика Нохчийчоь (позже переименованная в Чеченскую Республику Ичкерия), ее руководителем стал бывший генерал авиации Джохар Дудаев. В октябре 1991 года чеченские сепаратисты провели выборы парламента и президента, российское руководство их не признало и позже объявило военное положение в регионе. В это время происходил распад Советского Союза, и проблемы народов Северного Кавказа отошли на задний план. Некоторое время Чеченская Республика существовала вне правового поля России.
Авторитарный стиль правления Дудаева вызывал недовольство у многих влиятельных чеченцев, постепенно сформировалась антидудаевская оппозиция. Начались вооруженные столкновения. 11 декабря 1994 года на территорию мятежной республики вошли российские военные подразделения. Началась так называемая Первая чеченская война, которая продлилась до 1996 года и закончилась подписанием унизительных для России Хасавюртовских соглашений. В 1999 году с вторжения групп боевиков на территорию Дагестана началась Вторая чеченская война, которая продлилась до 2000 года. Эта кампания была успешной для российских вооруженных сил, которые смогли установить контроль над регионом.
Татарстан
В данном регионе события развивались без вооруженных столкновений, но тоже достаточно драматично. Татары не составляли абсолютного большинства среди населения, поэтому уровень национализма был не сопоставим с чеченским. Тем не менее, в 1992 году Республика Татарстан не подписала федеративный договор и формально не вошла в состав Российской Федерации. 30 ноября этого же года принимается Конституция, провозглашающая суверенитет. На руководителей республики оказывалось политическое давление с целью вернуть регион под юрисдикцию РФ. В 1994 году Татарстан признал себя частью России, а 19 апреля 2002 года Конституция республики была изменена в соответствии с законами федерации.
Финно-угорский сепаратизм
На территории России компактно проживает 15 финно-угорских народов общей численностью около 2.3 миллионов человек. В 1980-1990-е годы среди некоторых представителей этих народов были популярны различные сепаратистские идеи вроде проекта создания «Великой Финляндии». Последний предполагал объединение близких к финнам этносов (в том числе и проживающих в России карелов, саамов и других) в одно государство. Дальнейшего развития и преобразования в серьезные политические движения финно-угорский сепаратизм не получил.
Территориальный сепаратизм
Вышеперечисленные примеры описывают этнический сепаратизм, он основан на желании этноса отделиться и создать независимое государство (Северный Кавказ, Поволжье, Карелия, Тува, Бурятия). Но в постперестроечной России существовал и территориальный сепаратизм. В этом случае идея отделения возникает на территории, где среди населения преобладают этнические русские. Подобное явление наблюдалось в Калининградской области. Она не имеет сухопутной границы с остальной частью страны, жителям проще было добраться до городов Германии или Польши, чем до Москвы. С 1993 года в области действовала Балтийская республиканская партия. Члены этой организации добивались преобразования области в республику с возможностью дальнейшего обретения суверенитета. Деятельность партии явно противоречила курсу российской власти, поэтому в 2003 году партию распустили. Территориальный сепаратизм наблюдался также в некоторых регионах Урала и Сибири.
Автор не упомянул казачий сепаратизм в РФ 1991 года. На Северном Кавказе были провозглашены Донская, Терская, Армавирская и Верхне-Кубанская Казачьи Республики. Предполагалось из них создать Союз казачьих республик, как полноправный участник СССР. Но СССР вскоре распался, и дальше деклараций дело не пошло.
Попытки сепаратизма на Урале зашли слишком далеко. В 1993 году фактически существовала Уральская Республика, а некоторые бизнесмены начали печатать даже собственную валюту — Уральский франк. И за это посягательство на территориальную целостность никто не наказан, а местный руководитель незаконной республики — Эдуард Россель — долгие годы оставался при должности.