В конце XV — начале XVI в. государственное устройство еще сохраняло многочисленные черты дворцово-вотчинной системы управления, характерное для феодальной раздробленности. Продолжение дальнейшего объединения и консолидации Северо-Восточной Руси требовало централизации государственного аппарата. Проведение этой политики активно развернулось в конце XV —начале XVI в., т.е. вскоре после того, как эти земли были объединены вокруг Москвы. Главной опорой великокняжеской власти в деле дальнейшего укрепления государства стало растущее дворянство, а также торгово-ремесленное население городов.
В конце XV—XVI в. в составе Московского государства продолжали оставаться отдельные территории, которые сохраняли старые традиционные формы управления — удельное княжество Волоцкое, полусамостоятельное Рязанское княжество и Псковская феодальная республика. В 1504 г. были образованы новые уделы — Дмитровский, Калужский, Старицкий и Углицкий для младших сыновей Ивана III. Эти уделы и княжества были характерным пережитком феодальной раздробленности и предпосылками для новых феодальных войн и различных смут. Перед центральной властью стояла важная задача — ликвидировать эти очаги вероятной феодальной анархии.
Верховная власть в Русском государстве конца XV — начала XVI в. принадлежала великому князю и Боярской Думе. Дума была представительным советом высшей феодальной аристократии и существенно ограничивала власть великого князя. Важнейшие государственные решения по вопросам внешней политики, суда, законодательства великий князь не мог принять без одобрения Думы. Порядок получения места в Думе, как и вообще порядок занятия высших административно-государственных и военных должностей определялся системой местничества, т.е. положением феодала на сословно-иерархической лестнице. Такое положение зависело в первую очередь от принадлежности феодала к тому или иному знатному роду, частично от личных заслуг феодала и предков. Следствием стало преобладание в Думе и вообще в государственном аппарате представителей боярской аристократии. Потомки знатных родов зачастую озабочены были больше спорами о выяснении древности своего рода, чем о реальных государственных делах. При заседании Боярской Думы даже близость места к монарху определялась «породой». Боярская Дума состояла из сравнительно ограниченного круга бояр и окольничих. Например, в 1533 г. в ее состав входило 12 бояр и 3 окольничих. Как правило, они происходили из черниговско-северских князей (Глинские и др.), Гедиминовичей — потомков великого князя литовского Гедимина (Бельские, Голицыны, Хованские и др.), либо из ростово-суздальских княжат (Ростовские, Шуйские и др.), либо из старомосковского боярства (Морозовы, Захарьины-Юрьевы, Воронцовы). Между ними шла постоянная борьба за чины, звания, места при дворе.
В своем стремлении ослабить аристократический состав Боярской Думы Иван III (1462 — 1505) и Василий III (1505 — 1533) привлекали к участию в ее заседаниях дьяков, ведавших делопроизводством Думы и получивших позднее название «думных дьяков», а также наиболее преданных великому князю дворян, которые впоследствии стали именоваться «думными дворянами».
В целом в конце XV — начале XVI в. Дума представляла собой орган власти крупной наследственной земельной аристократии, выступавшей против политики дальнейшей централизации государственного аппарата. Главными источниками формирования новых великокняжеских исполнительских учреждений стали великокняжеский дворец во главе с дворецким и казна с казначеем. Дворец заведовал великокняжескими землями (доменом), казна же являлась канцелярией. Важнейшими дворцовыми должностями были конюший, кравчий (подносивший великому князю во время пиров чашу с напитками), оружичий (ведавший изготовлением и хранением огнестрельного оружия) и др. Дворцовые чины обычно получали титулованные представители старомосковского боярства, издавна связанного с великокняжеским двором. Важным средством обеспечения доходов этих придворных являлись «кормы», сбиравшиеся с «путей», т.е. специальных подведомственных им территорий. Текущей работой в государственных учреждениях главным образом заведовал дьяческий аппарат казны, который формировался преимущественно из дворян. Казначей руководил государственными финансами, являлся хранителем государственного архива. Вдвоем со своим помощником — печатником (хранителем великокняжеской печати) — они принимали участие в организации государственной службы.
С конца XV в. в составе казны стали появляться специальные дьяки, в ведении которых находились определенные отрасли управления. В связи с широкой организацией в стране ямской службы (системы перевозок грузов, службы связи) назначались ямские дьяки, с развитием Поместной системы — поместные дьяки и т.д. В составе Боярской Думы стали также выделяться комиссии по отраслям управления (например, посольские комиссии, «бояре, которым разбойные дела приказаны» и т.д.). Обособление отдельных отраслевых служб свидетельствовало, что начинает формироваться новая приказная система управления.
В конце XV — начале XVI в. происходили и существенные изменения в военном деле. Попрежнему главной военной силой оставалась дворянская конница, вооруженная саблями и луками. Однако в данное время появляется и огнестрельное оружие («пищали»), которое требовало хорошо обученных, высококвалифицированных стрелков (отряды пищальников), которых набирали из среды посадских людей. Отряды пищальников явились зародышем нового постоянного войска. Возросла также роль артиллерии («наряда»), первое применение которой было еще в 1382 г. при обороне Москвы от войск золотоордынского хана Тохтамыша.
Изготовлением пушек и пищалей занимался специальный Пушечный двор в Москве. Производительность его в первой половине XVI в. достигла таких результатов, что русские пушки стали вывозиться за рубеж. Например, только в ходе одной сделки в первой половине XVI в. из Москвы в Сефевидскре государство было поставлено 100 пушек. Все большее значение постепенно начинает приобретать «посошная рать», т.е. пешее ополчение, набиравшееся из крестьянского и посадского населения. Авангардом русских вооруженных сил, выдвинувшихся в южные степи, стали конные отряды («станицы») казаков, которые несли дозорную службу.
С конца XV в. происходит перестройка местного самоуправления. Постепенно система кормлений, существовавшая в ранний период Русского централизованного государства, начинает себя изживать. Получение наместниками и волостетелями «кормов» (денежных и натуральных поборов) с населения непосредственно вело обычно ко всякого рода злоупотреблениям, вымогательству, произволу и всесилию феодалов на местах. Это затрудняло сбор средств в великокняжескую казну. Самые доходные кормления находились в руках аристократии, которая ни с кем не хотела делить свои привилегии. В стремлении ограничить власть этих крупных феодалов на местах правительство с конца XV в. все чаще стало выдавать местным землевладельцам, посадскому населению и черносошному крестьянству специальные уставные грамоты, содержащие регламентацию поборов в пользу наместников и волостей. Срок пребывания на наместничестве постоянно сокращался и в первой половине XVI в. обычно не превышал одного года. Ограничение прав наместников было связано с увеличением роли дворянства на местах и дальнейшей централизацией местного самоуправления.
С начала XV в. постепенно вводился институт городовых приказчиков, в руки которых передавалась административно-финансовая власть в городах и прилегающих к ним уездах. Городовые приказчики ведали строительством городских укреплений, распоряжались организацией материального обеспечения обороны, собирали ряд податей с населения (ямские деньги и др.). Появление городовых приказчиков знаменовало собой дальнейшее ограничение власти наместников, сужение их полномочий и укрепление политических позиций дворянства.
Укрепляя единоличную власть, Великому князю уже было недостаточно опоры на удельных князей и боярство. Другим и главным столпом стало поместное дворянство, верой и правдой служившее государю за земли и крестьян, даваемых его щедрой рукой. Крестьянству в связи с этим все больше ограничивалась свобода.
Боярская Дума начала уже давно себя изживать, здесь правильно отмечено, что её не интересовали государственные дела, преследовались лишь личная выгода и выяснения, чей род старше. Реформы в управлении страной были неизбежны, в дальнейшем они и произошли.